O Museo mantén, ademais, [E1]Arquivo Institucional[/E1] sobre a traxectoria do propio Museo Histórico Nacional, con documentos, fotografías, impresos, recortes de xornal, etc. As fotos utilizadas para ilustrar o elemento "ARQUITETURA E HISTORIA" integran esta colección.
Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do Museo Histórico Nacional.