Tras a execución do duque de Braganza polas propias mans do rei, Pêro da Covilhã foi designado para investigar cales eran os nobres que conspiraban contra [E1]D. Xoán II[/E1], conseguindo identificar a D. Diogo, duque de Viseu e D. García de Meneses, bispo de Évora.
En 1476 acompañou a D. Afonso V na batalla de Toro, o fracasado intento de D. João de reclamar o trono de Castela, xa que era cunhado de Henrique IV de Castela.