Agora, cando morreu, conta Diogo Barbosa Machado na Bibliotheca Lusitana (Tomo I, páxina 23) que foi amortado co manto da Orde militar de Santiago, da que era comandante, enterrado na igrexa de Nossa Senhora da Serra en Goa, que construíu en agradecemento ao feliz éxito da conquista de Malaca.
O 6 de abril de 1503 partiu para a India co seu primo Francisco de Albuquerque, comandando cada un tres barcos, tendo participado en varias batallas, levantando a fortaleza en Cochim e establecendo relacións comerciais con Coulão.