Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do [E1]Museo Histórico Nacional.
Ao comezo do século XX o Arsenal é trasladado a Ponta do Caju, abrindo o camiño para a adaptación do conxunto ás súas novas funcións: [E2]Pavilión das Grandes Indústrias[/E2] da "Exposición Internacional de 1922".