En 1514 na India dedicábase á administración e diplomacia, a concluír a paz con Calecute, a recibir embaixadas de reis indios e a consolidar e embellecer Goa, onde, a través do matrimonio de portugueses con mulleres indíxenas busca crear unha raza lusso-indiana. O seu prestixio chegou ao auge creando as bases do Imperio Portugués no Oriente.
O 6 de abril de 1503 partiu para a India co seu primo Francisco de Albuquerque, comandando cada un tres barcos, tendo participado en varias batallas, levantando a fortaleza en Cochim e establecendo relacións comerciais con Coulão.