Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do Museo Histórico Nacional.
A partir do Forte de Santiago, na Ponta do Calabouço, a evolución do conxunto arquitectónico do [E2]Museo[/E2] acompañou a traxectoria urbana da cidade de Río de Janeiro.