[E2]A comezos do século XVI[/E2], o rei D. Manuel I ordena unha gran reforma, reconstruíndo e redecorando a igrexa e o mosteiro.[E1]Nesta época[/E1] transfíranse os restos de Afonso Henriques e Sancho I dos seus sarcófagos orixinais para novas tumbas decoradas no estilo manuelino.