A principios do século XVI, o rei D. Manuel I ordena unha gran reforma, reconstruíndo e redecorando a igrexa e o mosteiro.
A Igrexa de Santa Cruz de Coimbra. A Igrexa de Santa Cruz de Coimbra foi fundada en 1131 por D. Telo (San Teotonio) e outros 11 relixiosos, que adoptaron a regra dos Cónegos Regrantes de San Agustín. A nova igrexa recibiu moitos privilexios papais e doazóns dos primeiros reis de Portugal.