Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do Museo Histórico Nacional.
Ao comezo do século XX o Arsenal é trasladado a Ponta do Caju, abrindo o camiño para a adaptación do conxunto ás súas novas funcións: Pavilión das Grandes Indústrias da " [E2] Exposición Internacional de 1922 [/E2] ".