A continuación do traballo desenvolvido pola Presidencia alemá neste ámbito, continuou a negociación da proposta de directiva, analizándose o parecer do Parlamento Europeo e discutíndose as reservas introducidas polas distintas delegacións. O resultado final é positivo, xa que se logrou eliminar a maior parte das reservas existentes. Aínda que existe un consenso en torno ao 70% da proposta de [E1]Directiva[/E1], quedan reservas de fondo de varios Estados membros relacionadas, por exemplo, coa natureza legal do instrumento a adoptar,
Neste sentido, en decembro de 2006 a Comisión presentou unha proposta de [E2]Directiva do Consello[/E2] que propón medidas para a identificación e designación das infraestruturas críticas europeas e para a avaliación da necesidade de mellorar a súa protección, abrangendo as que a súa perturbación ou destrución afectaría a dous ou máis Estados membros, ou a un único Estado membro se a infraestrutura crítica está situada noutro Estado membro.