Co patrocinio do Banco Nacional de Desenvolvemento Económico e Social, esta etapa tamén incluíu a recuperación de tres amplas galerías de exposición permanente situadas no segundo piso, ademais da realización de obras estruturais no terceiro piso, onde funciona a Administración [E1].
Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do [E2]Museo Histórico Nacional.