Ao regresar ao reino de Portugal, "máis cheo de glorias que de despojos", foi ben recibido por D. Manuel, que en 1506 volveu envialo ao Oriente en compañía de Tristão da Cunha e nomeándoo gobernador da India, na sucesión do vicerrei D. Francisco de Almeida. Neste posto, conquistou varios portos en Omán, chegando finalmente á moi rica cidade de Ormuz, que se converteu en tributaria de Portugal.