De regreso ao reino de Portugal, más cheo de glorias que de despojos, foi ben recibido por D. Manuel que en 1506 volveu envialo ao Oriente[E1][/E1] en compañía de Tristão da Cunha e nomeándoo gobernador da India.
O 6 de abril de 1503 partiu para a India co seu primo Francisco de Albuquerque, comandando cada un tres barcos, tendo participado en varias batallas, levantando a fortaleza en Cochim e establecendo relacións comerciais con Coulão.