O Museo mantén, ademais, Arquivo Institucional sobre a traxectoria do propio [E1]Museo Histórico Nacional[/E1], con documentos, fotografías, impresos, recortes de xornal, etc. As fotos utilizadas para ilustrar o elemento "ARQUITETURA E HISTORIA" integran esta colección.
Por determinación do presidente Epitácio Pessoa, o Pavilión albergou, en dúas das súas salas, o núcleo inicial do Museo Histórico Nacional.