A principios do século XVI, o rei D. Manuel I ordena unha gran reforma, reconstruíndo e redecorando a igrexa e o mosteiro. Naquel tempo transfíranse os restos de Afonso Henriques e Sancho I dos seus sarcófagos orixinais para novas tumbas decoradas no estilo manuelino.
A Igrexa de Santa Cruz de Coimbra. A Igrexa de Santa Cruz de Coimbra foi fundada en 1131 por D. Telo (San Teotonio) e outros 11 relixiosos, que adoptaron a regra dos Cónegos Regrantes de San Agustín.