text: 1980年代·1990年代JR時間表修正，因此列車愛稱中均改名為「日出出雲」和「日出瀨戶」。「日出出雲」由於執行車輛動力關係，由本來途經山陰本線改為途經伯備線。而使用客車的「出雲」1往返班次中，由來往濱田站縮短至出雲市站。使在JR四國內使用客車的定期旅客列車消失。10月3日.西日本實施時間表條正。更多「希望」使用500系。JR神戶線中，日間來往須磨站折返的普通列車延長並統一來往西明石站。使大阪站至西明石站之間各站每小時最少設有8班以上列車停站。在毎日早上時段設有於大久保站折返的普通列車。改善琵琶湖線車站的轉乘情況。在JR寶塚線中，從吹田出發的列車改從高槻站出發，來往新大阪站的班次延長至來往高槻站。學研都市線中，從長尾出發前往京橋的列車延長至塚口。阪和線中，223系付屬2卡編成的連結位置由大阪一方改為關西機場一方。加設於天王寺出發於大阪環狀線上執行一圈的關空快速班次。在廣島地區中，延遲可部線的尾班車。在藝備線中，急行「帝釋」的時間表提早，使可以轉乘廣島站的「希望」。12月8日.北海道、東日本實施時間表修正。增備Kiha283系。在「大空」1往往班次改為「超級大空」，「北斗」1往返班次改為「超級北斗」。秋田新幹線「小町」所使用的E3系，由5卡編成增至6卡編成。赤羽站附近的高架化工程完成，東北貨物線成為雙線鐵路。宇都宮線、高崎線實施時間表修正。兩線中，早上上行增加1班班次前往池袋，該列車在到達池袋站後，使用前往新宿的同一個月臺，以便轉乘。同時在「成田特快」中，3班前往成田機場的班次延長至從大宮出發，另外2班的終點站延長至大宮。中央·總武線各站停車中，209系500番臺投入服務。常磐線中，隨著增備E653系，使用485系執行「常陸」均變為使用E653系執行「新鮮常陸」。因此，來往上野站的485系定期特急列車消失。「清爽常陸」、「Home Town常陸」的愛稱廢止，「回家快車土浦」廢止。大糸線中，投入服務。特急「白鷹」在北北線內的最高速度起升至150km/h。1999年.2月7日.西日本實施時間表修正。吳線水尻站、狩留賀濱站啟用，川原石站遷移並新設列車交會裝置，增強運送力。同時，本來只在日間行走的快速列車增設於繁忙時間行走，使吳站以東至廣島站以西的所需時間縮短。3月13日.各地實施時間表修正。700系開始引入服務。厚狹站加設新幹線月臺，該新幹線車站只有「回聲」停站。隨著山形新幹線延長至新莊站的工程進行中，奧羽本線在山形新幹線延伸路線山形站至新莊站之間暫停服務，開設替代巴士服務。同時特急「駒草」和快速「月山」廢止。磐越西線中，本來在新潟縣內靜態儲存的復原，並開始執行來往會津若松站至新潟站之間的快速「號」，主要在日本黃金周與聖誕節的星期六及假日執行。昨天3月12日，兩毛線的前橋大島站啟用。加古川線的時間表調整，使班次間隔較均等。山陰本線中，於1993年3月18日時間表修正中從神西站改名為出雲大社口站，在這些修正中再改名為出雲神西站。德島線急行「吉野川」整合至特急「劍山」，使四國內所有急行列車廢止。高德線的特急「渦潮」不再直通至牟岐線。牟岐線中，新設直通至高德線或德島線的特急「室戶」。另外，「Marine Liner」在下午3時以後前往高松的班次均停妹尾站。在佐世保站至長崎站之間新設日本首列以人名命名的特急列車「西博爾德」。來往博多站至熊本站之間的「有明」增加班次，使日間該特急每小時設有3班。來往博多站至大分站之間的「音速」提速，最快的班次只需1小時59分。4月1日.西日本中，隨著日本環球影城興建中，櫻島線安治川口站至櫻島站之間的走線變更，並實施時間表修正。該區間的營業距離增加0.1公里。5月10日.西日本的都市網路實施時間表修正。更多223系2000番臺投入服務，新快速於早上繁忙時間的最高時速提升至130km/h。該時段中需待避的車站增加御著站、土山站和大久保站。外側快速不再使用113系執行。於安土出發的新快速班次中，直至草津站都是各站停車。奈良線、湖西線均延遲尾班車，以方轉讓新快速轉乘以上兩線尾班車。櫻島線再沒有班次來往京橋站，縮短編成並增加班次。學研都市線中新設區間快速。在日間來往京橋站至四條畷站之間的班次改以4卡編成。阪和線中，新設直通至大阪環狀線的紀州路快速，該列車與關空快速於日根野站進行結併與分離列車。同時，「關空特快翼」廢止，而「關空快速」不再設有班次編號。三國丘站成為快速2卡編成、9抽6卡編成改為9抽3卡編成和9抽5卡編成，由於車頭不足，因此4架223系2500番臺投入服務。紀國線來往御坊站與來往紀伊田邊站的班次互相出發。7月2日.九州中，鹿兒島本線枝光站至八幡站之間的走線變更，新路線中太空世界站啟用。在走線變更後該區間的營業距離縮知1.0公里，而並行的山陽新幹線小倉站至博多站之間的營業距離也同樣縮短。7月16日.來往上野站至札幌站之間的臥鋪特急「仙后座」開始執行。取而代之臥鋪特急「北斗星」的3往返班次中的1往返班次變為臨時列車。10月1日.九州實施時間表修正。隨著豐肥本線熊本站至肥後大津站之間電氣化，特急「有明」再次駛入豐肥本線。熊本、大分地區開始加設一人控制班次與815系電車引入服務。10月2日.東海、西日本實施時間表修正。東海道、山陽新幹線中，使用300系來往博多站的「希望」均改用700系。100系X編成不再行走新幹線所有班次。隨著舞鶴線電氣化，新設來往京都站至東舞鶴站的特急「舞鶴」，而柴油列車急行「若狹」升級為快速，列車愛稱廢止。特急列車進行大幅重組，「丹後探索者」改為來往新大阪站，「丹後發現」改為來往京都站，同時不會與「北近畿」結併。「高貴鳥取」、「高貴北近畿」均廢止。夜行急行「大山」的使用車輛中，由客車。增加1班新快速執行130km/h。在日間從大阪出發的JR寶塚線快速，出發時間進行變更。紀國線中，從新大阪單向前往新宮的尾班夜行列車縮短至前往紀伊田邊。12月4日.主要為東日本、東海實施時間表修正。山形新幹線山形站至新莊站之間開業，E3系1000番臺投入服務。東北新幹線增備E2系，使「山彥」提速。特別在「小町」與「山彥」的所有班次中，「山彥」均使用E2系。由於改軌距工程，從同年3月13日起暫停服務及使用巴士代行的奧羽本線山形站至新莊站之間重開，除新幹線班次外只有普通列車執行。701系5500番臺投入服務，與719系5000番臺共同行走奧羽本線。而「山形線」愛稱從福島站至山形站之間擴充套件至福島站至新莊站之間。山形線櫻桃東根站啟用，楯岡站改名為村山站。同日廢止。連線新莊站的陸羽西線、陸羽東線所有列車均改用KiHa110系。陸羽西線設有別名「奧之細道最上川線」，陸羽東線也設有別名「奧之細道湯煙線」。陸羽東線中3個車站改名，而快速「出湯」改名為「湯煙」。新設奧羽本線來往新莊站至秋田站之間，使用701系電動列車執行的快速「駒草」，共設有3往返班次。磐越西線中，包含Kuroha455-1的S40編成不再行走。所有快速「磐梯」所有列車均只有一種車等。北上線中，快速「北上」降級為普通列車，該列車愛稱廢止。總武線快速、橫須賀線中，所有班次均更換至E217系，以提升列車速度。橫濱線中，由於更新地面裝置，各站的透過速度制限解除，增加快速列車班次，而所需時間也縮短。常磐線各站停車、地下鐵千代田線中，千代田線的ATC翻新工程完成，209系1000番臺投入服務，在繁忙時間增加班次。來往大阪站至飛驒古川站之間的急行「高山」升級至特急「飛驒」，使「飛驒」的定期班次中，由8往返班次增加至10往返班次。名鐵直通至高山本線的特急「北阿爾卑斯」於美濃太田站至高山站之間與飛驒7號和18號結併執行。急行「春日」的使用車輛方面，由KiHa58、65形改用KiHa75形，上行前往名古屋的班次延遲約40分鐘，使增加在奈良的停留時間。名古屋近郊中，313系投入服務，同時增備KiHa75形。使名古屋地區的在來線中實施大規模修正。東海道本線的快速班次提速，新設特別快速，並增加直通武豐線的快速列車班次。快速列車於岐阜站至大垣站之間新增中途停車站：西岐阜站、穗積站。同時，大部分普通列車設岐阜站折返。大垣站至米原站之間每小時增加2班列車。中央本線增設收費指定席快速「」。由於新型車輛投入服務，使JR東海的地方路線之一人控制執行區間大幅增加。姬新線和因美線於日間加設暫停服務時段。岡山地區的快速「太陽快車」改為一人控制。久大本線使用客車的普通列車消失九州臥鋪特急削減服務，「」來往佐世保站的編成廢止，並於鳥棲站與「隼」結併執行。
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