text: 公益財團法人日本籃球協會，同時也決定將職業聯賽的運營權從籃協下放到聯賽組織。1997年，日本第一份職業球員合同誕生；2000年，日本第一支職業籃球球隊誕生。但與此同時，反對日本籃球聯賽職業化的聲音也非常響亮，這導致了日本籃球職業聯賽遲遲無法退出。2004年，同屬的和在失望之餘宣佈退出聯賽組織和日本籃協並開始另組新的職業聯賽。但日本籃協起初並不承認兩隻球隊的退出，但新瀉天鵝與琦玉野馬已主動進入退出狀態並宣佈其新成立的新籃球日本聯賽正式啟動。面對兩隻球隊的堅定決心，日本籃協最終選擇妥協並在2005年承認了兩隻球隊的退出。不過此後日本籃協就宣佈與bj聯賽斷絕關係，並嚴令其旗下球隊不得與bj聯賽的球隊有任何交流。同時日本籃協還試圖成立一個由他們所掌控的新職業聯賽與bj聯賽競爭，但這個計劃遭到了企業隊背後的企業反對，最後這個聯賽只能淪為非職業聯賽。bj聯賽與日本籃協的對峙持續了很長時間，此間所提議的日本國家男子籃球隊從bj聯賽甄選球員及兩大聯賽的交流賽都最終沒有實現。2007年，與曾計劃舉行交流賽，但因為遭到日本籃協的反對而最終流產。2008年，國際籃聯提出“一個國家級聯賽是理想的，最好的目標是整合”；而為了應對這個要求，日本籃協又開始了聯賽職業化和合併兩大聯賽的討論。 2010年，bj聯盟獲得日本籃協的承認。同時，JBL聯盟與bj聯盟達成了《關於打造次世代頂級聯賽的諒解備忘錄》。按照備忘錄的預計，兩大聯賽將在2013年實現合併。2011年12月5日，日本籃協召集JBL聯盟與bj聯盟舉行會議並提出了新職業聯賽的方案。但由於方案所提及的新職業聯賽是一個與傳統JBL聯賽相同的職業俱樂部與企業隊相混合的聯賽，因此幾乎所有的bj聯盟旗下球隊都表示了困難，因為這樣的聯盟不利於商業化推廣。2013年9月，新聯賽正式宣佈成立。但bj聯盟方面僅僅只有千葉噴射機一隻球隊參加，因此由日本籃協牽頭的國內聯賽整合計劃宣告失敗。2013年12月，國際籃聯對日本籃協的改革訴求之一就是合併日本國內兩大頂級聯賽並建立金字塔形的聯賽架構，同時要求這個頂級聯賽的主管機構必須是日本籃協。 在2014年2月召開的理事會上，兩大聯盟就從2016－17賽季合併組建新的頂級聯賽達成一致意見。2014年4月，國際籃聯將就聯賽合併在內的日本籃協改革案答復截止日定在當年10月底。6月21日，日本籃協、JBL聯盟與bj聯盟再度就聯賽合併展開討論。7月17日，職業聯賽推進會宣告成立。雖然三方就聯賽合併達成最終決定，但企業隊居多的JBL聯賽的諸多球隊表示“排除企業冠名的做法不大好”並對聯賽職業化程序表示為難。正因為如此，聯賽合並繼續推進緩慢，而由於距離國際籃聯的截止日已經非常近，所以事實上已經無法達成目標。為了懲處日本籃協，國際籃聯宣佈對日本隊實施全球禁賽。隨後，在國際籃聯主持的日本籃協改革中，新的頂級聯賽——日本職業籃球聯賽在2016－17賽季正式開啟。在日本籃協規定的日本職業籃球聯賽加入條件之一球隊必須得到所在地地方籃協的支援，而由於被廣島縣籃協拒絕而失去加入聯賽的資格。會長人事任命案.2005年，日本籃協決定自離職後任命前埼玉縣知事為新任會長。土屋義彥是憑藉其成功申辦2006年世界籃球錦標賽而獲得推選，但由於其長女牽涉《》而受到質疑。特別是土屋義彥因為其長女的案件宣佈從埼玉縣知事一職上引咎辭職後，協會內對於任命其為會長的爭議聲越來越大，最終土屋義彥不得不宣佈婉拒協會的任命。日本籃協不得不重新尋找新的會長幾任人選，而亞瑟士的創始人在幾經波折後終於當選。評議會內訌及日奧委會停權風波.在原本討論2006年度補充預算的理事會會議上，由主辦世錦賽而導致的13億日元赤字問題引發了對日本籃協執行部門的責任歸屬討論，而這筆預算也在3月的評議委員會上被否決。此後，日本籃協執行部門試圖透過增加評議委員的人數來推動審核，但因為反對派的的抵制而兩度流會。6月，日本籃協在會議議程內加入了有關下屆協會人事任命案的討論，但還是第三次流會。由於預算未獲審議透過，原定在德島市舉行的2007年亞洲籃球錦標賽一度懸而未決，最後不得不依靠臨時預算方才度過財政危機。另一邊，反對派理事以失信為由對協會領導人提出的起訴。因為這次內訌事件導致不少贊助商選擇退出。雖然部分理事表示願意在任期屆滿後離職，但這仍未平息反對派理事的怒火，於是在9月試圖召開第4次會議。日本奧委會就此情況要求日本籃協進行說明，並敦促籃協盡快正常化。而與此同時，日本奧委會修改了對出事加盟協會的審查標準，最壞的結果可能導致該協會被強制退會。11月25日，試圖任命日本眾議院議員兼日本女子籃球聯盟主席麻生太郎為新會長並討論人事任免問題的臨時評議會召開，但會議第5度流會。而時任會長的已因病休養，而暫代他行使會長權力的副會長蒔苗昭三郎也因病倒下，日本籃協此時已風雨飄搖。另一名副會長遠藤安彥被任命為臨時會長，他再度召開審核預算的臨時評議會，最終以僅憑法定人數多1人的情況下召開會議成功並透過預算。但日本奧委會以日本籃協的大混亂為由，於12月10日取消給籃協的約1,100萬日元加強補助金。原定於2008年1月7日召開的任命新一屆協會管理層的評議會因未達法定人數而流會。雖然19日試圖再次召開，但依舊流會。最後由臨時會長遠藤安彥宣佈承擔責任並引咎辭職，專務理事石川代理會長職務。2021年決算高額赤字案.2022年，日本籃協所釋出的2021年決算案顯示其赤字高達5.8億日元。日本籃協對此的解釋是由於強化東京奧運相關專案及應對新冠疫情而導致的開支激增，而儘管為應對赤字而召開理事會會議也提上了議事日程，可相關會議僅僅在30分鐘內結束，這導致了出席會議的評議員及俱樂部相關工作人員的嚴重質疑。會長任期改革問題爭議.2023年3月8日，日本有媒體爆出日本籃協在2022年11月所召開的一次理事會會議上對會長任期進行了重大修改。 根據修改後的規定，會長的最長任期為7屆14年，但日本籃協並未就這一重大變動對外釋出新聞。而除了修改內容飽受爭議外，日本籃協對外說明不夠透明也備受指責。 據報道，本次針對會長任期修改的會議是由現任會長三屋裕子所主持。《日刊體育》指出，依據體育廳所制定《體育組織管理守則》的規定，“包括理事與會長在內的官員任期原則上不得超過10年”，而日本籃協的任期修改案明顯違背了這一規定。 一名地方籃協幹部就此批評道，“這大概只能視為是三屋會長為追求連任而做的修改”，同時他也諷刺日本籃協在修改任期案獲批四個月後仍無新聞稿對外說明是“大概因為內心愧疚”。
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