text: 本文討論了一些常見的分子檔案格式，以及它們之間的使用和轉換。區分這些格式.化學資訊通常以檔案或流化學標記語言.化學標記語言 是一種用於表示分子和其他化學資料的開源格式。其開源專案包含XML Schema、用於解析和使用CML資料的一整套原始碼以及一個活躍的社群。許多工具都相容CML資料檔案，包括JChemPaint、Jmol、XDrawChem和MarvinView。蛋白質資料庫.PDB格式通常用於蛋白質，但也可用於其他型別的分子。它最初的設計為固定列寬格式，因此具有最大原子數、殘基數和鏈數的限制；這導致較大的結構 。一些PDB檔案擁有描述原子連線性和位置的可選功能。因為這些檔案有時用於描述大分子組裝體或在顯式溶劑中表示的分子，所以它們的體積會非常大且被壓縮。一些工具，例如Jmol和KiNG， 可以讀取 .gz格式的PDB檔案。 wwPDB制定並維護PDB及其XML替代方案PDBML的規範。 2007 年 8 月，PDB格式規範發生了相當大的變化，並且修復了現有資料庫中的許多檔案問題。 PDB檔案的典型副檔名是".pdb" ，一些較舊的檔案也可能使用".ent"或".brk" 。一些分子建模工具根據自己的需要調整基本格式為非標準的PDB樣式檔案。GROMACS.GROMACS系列檔案格式是為與分子模擬軟體包GROMACS一起使用而建立的。它與PDB格式非常相似，但允許額外的數值精度，並可選擇保留有關粒子速度以及模擬軌跡中給定點的位置的資訊。這是因為它被設計用於儲存分子動力學模擬的輸出。GROMACS不允許儲存連線資訊，這些資訊是從單獨的分子和系統拓撲檔案中獲得的。 GROMACS檔案的典型副檔名是".gro" 。CHARMM.CHARMM分子動力學軟體包可以讀寫多種標準的化學和生化檔案格式；但CARD，這在在開始分子動力學模擬之前是必需的。使用的典型副檔名分別是".crd"和".psf" 。GSD.通用模擬資料"HOOMD-blue"的粒子模擬資料。該軟體包包含的一個python模組可以以易於使用的語法讀取和寫入HOOMD模式的gsd檔案。Ghemical."Ghemical軟體"可以使用OpenBabel匯入和匯出多種檔案格式，預設使用GPR格式。該檔案由幾個部分組成，由 codice_1 codice_2 codice_3 codice_4 codice_5 codice_6 codice_7 分隔。這種格式的推薦MIME型別為"application/x-ghemical" 。SYBYL線性字串.SYBYL線性字串是一種用字串表示化學結構的方法。因其基於SMILES，所以包含用於特定相對立體化學的完整表示方式。 SLN具有豐富的查詢語法，允許查詢Markush結構，還支援ChemDraw組合庫的規範。"例："簡化分子線性輸入規範.Simplified Molecular Input Line Entry Specification用一串字元描述分子。 SMILES字串包括連線情況，但不包括 2D和 3D座標。氫原子會被略去，原子用在方括號內的化學元素符號表示，例如[Au]表示“金”。有機物中的C、N、O、P、S、Br、Cl、I等原子可以省略方括號，其他元素必須包括在方括號之內。離子用方括號括起，用元素符號和電荷表示，"+"表示正電荷、"-"表示負電荷，電荷數跟在正負號之後。如果該原子與氫原子相連，氫原子寫在元素符號後面。符號“=”表示雙鍵，“#”表示三鍵。 () 表示分支。如果結構中有環，則要開啟。斷開處的兩個原子用同一個數字標記，表示原子間有鍵相連。芳環中的C、O、S、N原子分別用用小寫字母c,o,s,n表示。如苯表示為c1ccccc1"例："XYZ.XYZ是一種簡單的格式，通常在第一行給出原子數，在第二行給出註釋，然後是幾行原子符號和座標引數。MDL編號.MDL編號包含每個反應和變化的唯一標識號。格式為RXXXnnnnnnnn。 R表示一個反應，XXX表示哪個資料庫包含反應記錄。數字部分nnnnnnnn是一個 8 位數字。其他常見格式.最廣泛使用的工業標準之一是化學表格檔案格式，例如"結構資料格式"(Structure Data Format，SDF) 檔案。這些文字檔案遵循著嚴格格式，用於表示多個化學結構和相關資料。該格式最初由Molecular Design Limited (MDL) 開發和釋出。 MOL是MDL的另一種檔案格式。它記錄在"CTfile格式"的第 4 章中。PubChem還有XML和ASN1 格式，是PubChem線上資料庫的匯出選項。二者均基於文字。下表列出了大量其他格式格式轉換.OpenBabel和JOELib是免費提供的開源工具，專門被設計用來將檔案在各種格式之間轉換。他們的化學專家系統支援大型的檔案轉換。OpenBabel的基本命令是codice_8例如，要將SDF中的 "腎上腺素.sdf" 檔案轉換為CML格式：codice_9生成的檔案是 "腎上腺素.cml"IOData 是一個免費的開源Python庫，用於解析、儲存和轉換量子化學、分子動力學和平面波密度泛函理論軟體程式常用的各種檔案格式。它還能為各種軟體包生成匯入檔案的靈活框架。有關支援格式的完整列表，請訪問https://iodata.readthedocs.io/en/latest/formats.html 。許多用於檢視和編輯分子結構的工具能夠讀取多種格式的檔案並以其他格式輸出。例如：JChemPaint、Chime、Jmol、Mol2mol  和Discovery Studio。化學MIME專案.“化學MIME”是一種將化學資訊流附加到MIME型別的方法。該專案於 1994 年 1 月開始，並於 1994 年 5 月在CERN舉行的第一屆WWW國際會議的化學研討會上首次宣佈。……草案的第一個版本在 1994 年 5 月至 10 月期間釋出，第二個修訂版在 1995 年 4 月至 9 月期間釋出。在 1996 年 8 月的IUPAC會議上提交給CPEP的論文尚待商榷。 1998年該檔案在JCIM上正式發表。化學資料以下是部分免費提供的分子資料網際網路上的資源比此處列出的要多得多。下面的給出了這些連結。
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metadata.title: 化學檔案格式
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