text: 膠藻菌分家，可能保有較多原始藍菌的。物種.膠藻菌屬於1974年被描述發表，包含紫膠藻菌等地，應分別代表一種新種的膠藻菌。膠藻菌與基拉韋厄膠藻菌演化支分家的時間估計約為2.8億年前，基因組長約470萬bp，莫雷洛斯膠藻菌則約有490萬bp，三者基因組都已被完整定序，其中許多光系統蛋白的基因皆闕如。紫膠藻菌可合成、β-胡蘿蔔素、、、與等色素，其外觀呈紫色可能是葉綠素含量較低造成；基拉韋厄膠藻菌可合成葉綠素a與β-胡蘿蔔素，外觀也是紫色。紫膠藻菌的學名可能不符合《國際植物命名法規》，因其發表時缺少了拉丁文的物種鑑定描述，雖然2011年法規修改後已不要求物種發表者提供拉丁文描述，紫膠藻菌的學名仍可能因當初發表的模式標本為活體菌株、非乾燥標本而不被法規接受；紫膠藻菌發表時，發表者即認為其與1927年發表、所知甚少的藍菌"Gloeothece coerulea"關係密切；1880年發表的藍菌"Aphanothece caldariorum"與紫膠藻菌的形態與分子序列均非常接近，應屬同屬物種，並可能為同物異名，若這些學名確為紫膠藻菌的異名，根據命名法規，種小名"coerulea"與"caldariorum"的優先順序均高於紫膠藻菌的種小名"violaceus"相關類群.2020年，有一自南極麥克默多乾燥谷萬達湖的微生物席採得的新種藍菌DNA序列發表，被歸入新屬"Aurora"，學名為"Aurora vandensis"，此藍菌在演化樹上也位於藍菌演化支的基部，應不具類囊體；2021年又有一不具類囊體的新種藍菌發表，採自巴拿馬雨林中的植株上，屬於新屬"Anthocerotibacter"，學名為"Anthocerotibacter panamensis"，可能為"Aurora vandensis"的姊妹群，兩者的演化支則為膠藻菌屬的姊妹群，在約14億年前與其分家。"Aurora"與"Anthocerotibacter"也被視為廣義的膠藻菌，兩者比膠藻菌屬缺少了更多光系統蛋白的基因，"Anthocerotibacter"行光合作用的效率相當有限。下為膠藻菌與相關類群的演化樹：特色.膠藻菌不具類囊體，其光系統中的位於細胞膜上，且結構較其他藍菌的原始，呈束狀而非典型的半圓盤狀。相較於其他行有氧光合作用的生物在類囊體膜上形成所需的質子梯度，此類藍菌的質子梯度是在細胞膜上產生。膠藻菌雖有一與形成類囊體所需的Vipp1蛋白同源的蛋白，但比其他藍菌與植物的Vipp1蛋白少了一段序列，冠群藍菌的Vipp1蛋白可能是後來才獲得了促進類囊體形成的新功能。膠藻菌用於行光合作用的的蛋白皆集中在細胞膜上的特定區域，佔細胞膜表面積尚不及三分之一，可行光合作用的膜表面積比具類囊體的細胞後發生HexII → Lm相變，進而形成高度捲曲、多層的膜結構。膠藻菌合成β-胡蘿蔔素的反應途徑與非藍菌的其他細菌和真菌較為相似，由合成全反式番茄紅素的步驟僅使用CrtI一種去飽和酶，不像其他藍菌與植物使用CrtP與CrtQb兩種同源的去飽和酶將八氫番茄紅素加上雙鍵，以及異構酶CrtH將其轉為反式，不過"Aurora vandensis"與"Anthocerotibacter panamensis"合成β-胡蘿蔔素的途徑皆是「植物型」而非「細菌型」，顯示含膠藻菌在內所有藍菌的共同祖先應該具有CrtP、CrtQb與CrtH等酵素，而膠藻菌屬演化的過程中丟失了這些酵素，改使用細菌型途徑合成β-胡蘿蔔素。另外，多數藍菌有生物鐘系統，由KaiA、KaiB與KaiC等三個蛋白負責達成，膠藻菌基因組中沒有發現這三個基因，因此應不具生物鐘。
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