2.1.5. Купольные базилики и схожие храмы 
Перестройка Св. Ирины вводит в проблематику купольной базилики следующей эпохи – «тёмных веков». Этот период с середины VII по середину IX вв., невероятно сильно изменил империю: нашествия арабов с востока, славян, аваров, болгар и других народов с запада повлекли за собой не только утрату многих территорий, в том числе важных для архитектурного развития ранней Византии, но и запустение целых городов и исчезновение богатых семей, которые были заказчиками храмов и заботились об их содержании. Однако, многочисленные разрушения церквей вызвали необходимость их восстановления, соответственно, так как кафедральный собор был одним из символов статуса города. А победа идеи купольного храма, произошедшая в VI в., привела к тому, что на месте разрушенных базилик строятся храмы с куполом, в том числе купольные базилики.  Характерный пример такой трансформации – Св. София в Фессалоникская, где на месте меньше, чем половины наоса огромной ранневизантийской базилики возникает купольная базилика с рукавами креста, пусть базиликальность в ней выражена уже очень слабо. Точная дата постройки неизвестна, однако, вероятнее всего, что здание было построено на месте другой, более ранней базилики, в несколько этапов с конца VII в. до рубежа IX-X вв. Следы этих трансформаций хорошо видны на фасадах храма: если его нижние части сложены еще в римской технике opus mixtum, то в верхнем ярусе неравномерные и обрывающиеся ряды кирпича сочетаются с необработанным камнем, а декоративные ниши над окнами апсиды характерны уже для средневизантийского зодчества IX-X вв. Однако разные этапы строительства всё равно демонстрируют попытку следовать архитектурной традиции Фессалоник – это и роскошный западный портал с колоннами и резной аркой, и колончатые окна на хорах, и чередование столпов и колонн в интерьере. Святая София Фессалоникская, очевидно, была возведена в подражание константинопольской Софии и принципам архитектуры эпохи Юстиниана в целом – например, колоннады здесь полностью отгораживают с боков центральное пространство, а мощные подкупольные столпы прорезаны двумя облегающими их проходами, в один из которых даже вставлена колонна. Однако и конструкция, и декор храма, значительно упрощены и лишены лёгкости – даже купол здесь не круглый и уплощён у вершин подпружных арок. Широкие боковые нефы с запада слились с нартексом, а с востока не имеют логического завершения, так как ведущие в пастофории двери смещены с их оси. Хоры храма перекрыты не сводами, типичными для купольной архитектуры, а деревянными стропилами. Да и сами масштабы здесь иные: если в константинопольской Св. Софии только купол имел диаметр сто футов, то в Фессалонике такую ширину имеет весь храм. При этом в Св. Софии Фессалоникской отчетливо проступают черты нового архитектурного стиля и новой литургической планировки храма. Так, теперь и на Балканах богослужение требует пастофориев, которые прежде были почти исключительно на востоке империи. Восточная часть храма построена не по старой схеме равновесных травей, а на новом принципе сужающихся объёмов: вима чуть уже восточного рукава, а апсида ещё уже вимы. Тип купольной базилики с рукавами креста оказался весьма продуктивен. Можно проследить по крайней мере два пути его развития – один заключается в добавлении к такой основе дополнительных элементов, например, апсид и ниш. Так, в храме св. Тита в критской Гортине, построенном между 796 и 827 гг., к боковым рукавам креста добавлены апсиды, а в стенах восточного рукава сделаны большие полукруглые ниши, превращающие алтарь церкви в подобие триконха. Другой путь развития подразумевал сокращение длины восточного и западного рукавов, создавая внутри храма греческий равноконечный крест и полностью нивелируя базиликальную динамику интерьера. Примером такой трансформации может стать храм Успения монастыря Иакинфа в винфинской Никее начала VIII в., разрушенный во время греко-турецкой войны 1920-1920 гг. По плану он похож на Св. Софию Фессалоникскую, но хоры здесь были устроены только над нартексом, а пастофории, наоборот, разрослись и превратились в приделы – парэкклисии. И самое главное, рукава креста стали одинаково короткими – в ширину подпружной арки, так что наос церкви, по сути, превратился в тот архитектурный тип, который принято называть компактно вписанным крестом. Архитектурные формы храма также довольно скромны, за исключением, пожалуй, больших тройных окон в боковых рукавах под сложно профилированной аркой. Колонны между нефами заменены здесь на прямоугольные столбики, а резной декор очень плоскостен и примитивен. Аналогичное впечатление производит и похожий по плану храм св. Климента в Анкире середины IX в., ныне также разрушенный. Здесь видна дальнейшая трансформация типа, с полным превращением его в крестово-купольный храм. Боковые нефы сократились до длины подкупольного квадрата, т.е. до пространств за отгораживающей его парой столбиков, зато аналогичная пара столбиков появилась между наосом и нартексом, делая всю структуру здания центрической и лишая его даже намёка на базилику. В архитектурных деталях также видно соединение столичных образцов с провинциальными элементами – купол, как в Константинополе, был тыквообразным, т.е. разделённым на доли-распалубки, что очень хорошо подходит для оформления мозаикой, но поставлен он на комбинации из парусов и типичных для востока империи тромпов. Однако, в тёмные века строились и стандартные купольные базилики без рукавов. Но пример собора св. Николая в Мирах Ликийских, перестроенного, вероятно, после землетрясения в IX в. и в который были включены остатки базилики на столпах VI в., также демонстрирует упрощение всех архитектурных форм – интерколумнии между нефами заменены на низкие арки на мощных столпах, не доходящие даже до уровня второго яруса, так что над ними пришлось делать маленькие разгрузочные арки-окошки. Таким образом, судьба купольной базилики в тёмные века отражает общую картину трансформации византийской архитектуры в этот период, который греческие историки архитектуры называют «переходным». С одной стороны, старые столичные архитектурные образцы подвергаются упрощению, причём не только в провинции, но даже в Константинополе – например, реконструкция Св. Ирины. С другой стороны, именно в этих упрощённых памятниках начинает вырабатываться архитектурный язык нового, средневизантийского зодчества, где купольный храм окончательно станет центричным и лишённым базиликальной динамики. Купольные базилики, сыгравшие столь важную роль в тёмные века, стали неизбежной жертвой этой эволюции – после середины IX в. они будут строиться очень редко, причём только в классическом виде, без рукавов. 
В эпоху Юстиниана купольные базилики были очень популярны, но после его смерти их популярность падает. Это связано с тем, что империя переживает период войн и разрушений, а также с тем, что купольные храмы становятся слишком громоздкими и не отвечают новым требованиям литургии. Однако, в период «тёмных веков» купольные базилики вновь становятся популярными, но уже в совершенно новом виде.