3.2. Процессы изменения в системе управления органами власти субъектов Российской Федерации в указанный период
Параллельно с дисциплинированием глав регионов происходил другой процесс – усмирение и приведение к единому стандарту руководства городов. Говоря о местном самоуправлении и муниципалитетах, мы должны внятно представлять состояние городов на начало нашего периода. По итогам 20-го века Россия является сверхурбанизированной страной. На конец периода 74,4% населения России проживает в городах. В основном, это города-миллионники и города, в которых с 2002 по 2012 год население росло.  На момент начала нашего периода, до 2003, в органах местного самоуправления в качестве инструмента выбора власти предусмотрены только прямые выборы. Изменения в этой области также начинают происходить достаточно рано, в течение первого срока Владимира Путина. Уже в октябре 2003 года принимается новая версия Федерального Закона №131 «О принципах организации местного самоуправления», в котором предусматривается возможность выбора главы муниципального образования не только гражданами напрямую, но и из членов муниципального законодательного собрания.  Но масштабная кампания по отмене прямых выборов городов и заменой их главой города, выбираемого законодательным собранием, либо разделением полномочий на сити-менеджера,  у которого все эти полномочия имеются, и избираемого мэра, который выполняет, в основном, представительские функции, начинается с 2005 года. Вторая волна отмены прямых выборов мера это 2008 год. К 2013 году, то есть немного выходя за рамки, в 43 столицах регионов РФ отменены прямые выборы. К 2014 году еще 11 глав столиц регионов избираются не напрямую. Федеративное устройство России, которое было на начало нашего периода, на 2000 год, провоцировало линию конфликта между губернатором и мером столицы региона. К концу срока эту линию конфликта удалось убрать за счет того, что и губернатор и мер были, в основном, назначенцами. Были и некоторые эпизоды сопротивления данному процессу. В частности, история с отменой выборов в городе Ярославль, где участвовал достаточно активно Б.Е. Немцов. Конфликт в Астрахани, в Петрозаводске также являются яркими примерами этих конфликтов.  Итак, на момент окончания указанного нами срока, всего 14 столиц регионов сохраняют выборность мэров городов. Описываемая реформа, в общем демонстрирует некоторые признаки стратегического мышления и сознательности. Цель ее – изменения баланса регионального устройства РФ с федеративного, который мы видим на момент 2000 года, на куда более унитарную модель.  Это привело к тому, что-то неравенство статусов, которое было заложено первоначально в федеративную модель, а именно разное положение областей, краев и республик, стало более очевидным. Модель бюджетного федерализма, в которой все деньги утекают в федеральный центр, сделала регионы зависимыми от федерального центра. Но, парадоксальным образом, оно же сделало и федеральный центр зависимым от тех регионов, которые могут требовать свои доли денежных трансфертов. Наилучшим образом это получается у национальных республик. Поскольку существует скрытая угроза, как потенциальных сепаратистских настроений, этнических конфликтов или террористической активности, наилучшим образом выходит именно у них.  На конец программы реформирования федеративного устройства мы вышли с моделью, которая одновременно является внешне унифицированной, а внутренне достаточно хрупкой и уязвимой, поскольку она делает регионы как зависимыми, так и неравными. Она закрывает тот канал обратной связи, которым являются прямые выборы, и она совершенно прямым образом репрессирует городское население, которое есть основное население России.  Таким образом, то недовольство и та потенциальная конфликтность, которые могли бы легально и достаточно мирно выражать себя через выборы на местном уровне, себя таким образом не выражает. И городское население, которое могло бы быть и естественным образом является драйвером экономического роста и носителем прогресса и позитивных изменений, инкапсулировано в этой системе практически отсутствующего местного самоуправления. Люди не имеют возможность увидеть, что их интересы учитываются в тех изменения, которые их наиболее непосредственно затрагивают. Это привело к тому, что вполне бытовые организационные вопросы жизни городов, каждый раз являются возможностью потенциального острого конфликта.  
Реформа, которая была проведена в период с 2000 по 2012 год, в области регионального устройства, была направлена на то, чтобы сделать регионы более зависимыми от федерального центра, но при этом более равными. Это привело к тому, что в регионах стало больше неравенства, а в городах – меньше возможностей для выражения недовольства и конструктивной активности.